Son Traité médico-philosophique de l'aliénation fut le point de départ de tous les travaux accomplis par la suite dans ce domaine.
En 1795, il fut nommé médecin en chef de la Salpétrière. Il y ouvrit un cours de médecine clinique. Avec ses livres La Nosographie philosophique (1798), traduit en plusieurs langues, puis La médecine clinique (1802), sa renommée fut immense. Il y élaborait une classification des maladies mentales.
Il fut admis à l'Académie des sciences en 1803.
Nommé professeur de physique médicale et d'hygiène et ensuite professeur de pathologie interne à l'Ecole de médecine de Paris, il y développa les doctrines de la Nosographie. Il faisait salles combles malgrès ses grandes difficultés d'élocution et sa timidité.
Cependant, à partir de 1816, il vit son déclin venir et ne se défendit pas face à de brillants réformateurs comme Broussais.
Philippe Pinel était considéré comme un humaniste, humble et généreux. Il est mort sans fortune mais est resté dans les mémoires comme le père de la psychiatrie moderne.